권리금은 통상 임대차 기간이 종료되는 과정에서 영업시설, 영업상의 노하우등을 양수도할 때 주고 받는 영업권의 대가를 일컫는다. 국세청은 권리금을 주고 받음으로써 영업권을 인수, 인계하는 자 모두에게 세금의 신고 및 납부의무를 부여함으로써 권리금을 양성화시키고자 노력하고 있다.

이에 개인사업자의 영업권 인계는 부가가치세법상 재화의 양도로서 권리금에 대해 세금계산서를 발행해야 한다. 물론, 영업권을 인계하는자가 면세사업자라면 계산서를 발행해야 하며, 과세와 면세를 겸영하는 사업자라면 직전 과세기간의 과세와 면세 매출에 따라 안분하여 세금계산서 및 계산서를 발행해야 한다.

한편, 영업권을 인계하는자가 수령하는 권리금은 소득세법상 기타소득으로서 국세청은 그 권리금을 지급하는 자로하여금 지급금액에서 필요경비로 80%를 차감하고 나머지 20%의 금액에 대해서 기타소득세 20%와 지방소득세 2%, 합계 22%의 세금을 원천징수하여 다음달 10일까지 신고 및 납부하도록 협력의무를 부여하고 있다. 또한, 권리금의 지급자는 권리금을 지급받는자에 대한 내역을 기재한 기타소득지급명세서를 권리금 지급일의 다음연도 2월 말일까지 제출해야 한다. 이러한 납세협력의무를 이행한 권리금 지급자는 권리금을 무형고정자산으로 장부에 계상하고 비용처리가 가능하게 된다.

이미 언급하였듯이 권리금은 국세청의 관심대상 중 하나이다. 권리금을 지급하는 자에게 원천징수의무 및 지급명세서 제출의무를 부여함으로써 권리금을 지급받는 자가 세금계산서를 발급하지 않더라도 과세대상이 존재함을 알 수 있도록 하고 있으며, 권리금을 지급하는 자가 원천징수의무 및 지급명세서 제출의무를 이행하지 않은 경우에도 권리금을 지급받는 자가 지급하는자에게 세금계산서를 발급하도록 함으로써 권리금을 지급하는 자에게 납세협력의무 불이행 가산세를 부과하고 있다. 따라서 권리금을 주고 받는 경우에는 납세협력의무와 납세의무를 기억해둠으로써 서로 얼굴 붉히는 일이 없도록 할 필요가 있다.