현행 조세특례제한법은 제70조의 2에서 경영회생 지원을 위한 농지 매매등에 대한 양도소득세 과세특례 제도를 두어 농업인이 농가 부채로 인해 농업경영 위기에 처해서 직접 경작한 농지와 농업용시설을 한국농어촌공사(이하 “농어촌공사”)에 양도하는 경우 세제 지원을 해주고 있다.

해당 제도는 농업인이 농어촌공사에 농지를 양도(보통 양도 후 농업인이 농어촌공사와 7년 임대차 계약함)하는 시점에 양도소득세 감면 요건을 갖추지 못하여 양도소득세를 납부한 경우 농업인이 해당 농지를 임차하여 직접 경작하고 해당 농지를 임차기간 내 환매한다면 기 납부한 양도소득세를 환급해주는 제도(환매시 농업인의 신청에 의해 환급 가능함)이다. 이 후 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지를 다시 누군가에게 양도하면 취득가액은 농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지 취득 당시 취득가액으로 취득시기는 농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지의 취득일을 적용받아 양도소득세를 신고 납부하게 된다.

기 납부한 양도소득세를 환급해주는 것, 환매한 농지를 양도시 농업인의 당초 취득시기 및 취득가액을 적용해주는 것은 농업인이 최초 취득시점부터 계속하여 농지를 가지고 있었던 것처럼 인정해 주겠다는 것이다. 따라서 농어촌공사에 소유권 이전 후 농업인의 임차기간도 농업인이 계속하여 보유하면서 경작한 기간으로 인정받게 된다.

한편, 농업인이 경영회생지원 목적으로 농어촌공사에 농지를 양도하고 임차기간내 사망한 경우가 있을 수 있다. 이 때는 살아있는 상속인이 그 농지에 대한 환매권을 행사할 수는 있으나 상기 조세특례제한법 규정을 적용받을 수 없어 농업인이 당초 납부한 양도소득세를 환급받을 수 없을 뿐만아니라 상속인이 환매한 농지를 양도하는 경우 취득시기 및 취득가액은 상속인이 환매한 날 및 그 날의 취득가액을 적용해야하므로 이를 유의해야 한다.