부동산을 소유하다가 공익사업용으로 해당 부동산이 양도되는 경우가 있는바, 이 경우 보상금에 대한 양도소득세의 신고 및 납부의무가 발생한다. 하지만 공익사업의 원활한 수행을 위하여, 매매의 강제성으로 인한 부동산 소유자의 억울함을 달래주기 위하여 현행 조세특례제한법은 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정을 두어 산출된 양도소득세액에 대하여 일정 비율의 감면 혜택을 주고 있다.

그런데 공익사업용 부동산을 양도한 이후 소유자가 인근지역에 다른 대체 토지를 구입하게 될 경우 부동산 가격 상승으로 이어질 수 있는바, 공익사업의 시행자에게 부동산을 양도하면서 공익사업 시행으로 조성한 토지로 보상(즉, 현금보상, 채권보상, 대토보상 중 대토보상을 선택한 경우)받는 경우에 대해서는 양도소득세의 15%를 감면 받거나 양도소득세의 과세를 대토로 받은 토지를 양도할 때까지 미루는 과세이연 방식 중 어느 하나를 선택할 수 있도록 함(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례)으로써 보다 더 큰 혜택을 주고 있다.

보상금을 토지로 받는 경우는 대토보상일 현재 거주자인 경우에만 적용하며 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 사업시행자에게 양도하는 경우에 적용 가능하다. 15% 세액감면 신청 또는 과세이연 신청은 소유자가 양도소득세 신고시 세액감면신청서, 과세이연신청서, 대토보상 신청서, 대토보상 계약서 사본등을 첨부하여 제출하면 된다.

대토보상에 대한 양도소득세 과세특례는 현금보상에 비하여 감면율이 높고, 채권보상에 비하여 과세방식의 선택 권리를 주었기 때문에 사후관리를 철저히 한다. 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우나, 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도한 경우에는 양도소득세의 추징이 이루어지게 되므로 대토보상에 대한 양도소득세 감면신청 또는 과세이연 신청을 선택한 경우 주의를 요한다.