쌀 직불제는 쌀 농가의 경영위험을 완화해주기 위해 2005년부터 시행하는 제도로, 목표가격을 설정하고 시장가격과의 차이 85%를 재정에서 지원하고 있다. 목표가격은 쌀 가격을 반영하여 조정하도록 공식화되었으며, 2013년부터 적용할 목표가격은 기존의 80kg당 17만 83원보다 2.4% 상승한 17만 4,083원으로 추정된다.

현재의 목표가격 조정방식이 합리적이라는 주장과 함께 물가 상승률 등을 감안하여 결정하도록 개선해야 한다는 비판도 제기되고 있다. 목표가격은 제도의 도입 취지, 쌀 산업에 미치는 영향 등을 종합적으로 검토하여 결정해야 한다.

중장기적으로 쌀 소비량 감소율이 생산량 감소율보다 커서 가격이 지속적으로 하락할 것으로 전망된다. 또한 잦은 기상이변으로 풍흉이 반복될 수 있으므로, 농가의 경영안정을 위한 정책의 중요성이 커질 것으로 예상된다. 쌀 직불제는 이러한 가능성을 고려하여 운용되어야 한다.

국회에서 논의된 쌀 목표가격 관련 개정안을 감안하여 19만 원으로 인상되는 경우를 가정하면(분석을 위한 가정임), 목표가격이 17만 4,083원인 경우에 비해서 벼 재배면적은 1.8% 정도 늘어나며, 쌀 가격은 2.0% 정도 하락할 것으로 전망된다. 목표가격이 인상되고 쌀 가격이 하락하는 만큼 농가의 소득안정을 위한 직불금 재정은 2014년 1조 1,112억 원에서 2018년에는 1조 8,774억 원으로 늘어날 전망이다. 이는 목표가격을 규정대로 적용하는 경우보다 70% 정도 많은 규모이다. 2012년에 직불금으로 6,101억 원(잠정)이 지출되었다. 정부의 정책으로 쌀 가격을 하락하게 하고, 소득안정을 위해 재정을 추가적으로 투입하는 상황을 경계해야 한다.

또한, 고정직불금을 인상하여 변동직불금을 대체하게 되면, 가격 급락 시 농가의 경영안정을 도모하는 정부의 역할이 기능을 발휘하지 못하게 되며, 가격 상승 시에는 농가에 과잉 지원을 하게 되는 문제가 발생한다.

따라서, 농가의 경영안정을 도모한다는 쌀 직불제 도입 취지에 맞도록, 목표가격은 당초에 설정한 규정대로 운용하는 것이 바람직하다. 목표가격이 경제 외의 요인으로 인상되면, 쌀 농업에 집중도가 심화되어 자원배분을 왜곡시키는 부작용이 우려된다. 단, 중장기적으로 쌀 가격이 하락하면 목표가격도 하락할 수 있고, 농가의 불안감은 커질 수 있으므로, 목표가격이 하락하지 않도록 하는 방안을 검토할 필요가 있다.

쌀에만 정책을 집중하는 것보다는, 외국처럼 정책 대상 품목을 확대하여 농가의 소득향상을 도모해야 한다. 미국은 정책대상 품목이 당초 7개에서 2008 농업법에서는 14개 품목으로 확대하였다. 일본은 소맥, 대두, 감자 등을 대상으로 최소한 생산비가 회수될 수 있도록 지원해주고 있다. 농가소득 향상과 식량자급률 제고를 목적으로 하는 것을 참고할 필요가 있다.