이번 방문은 정대철 민주당 대표가 노무현 대통령의 외국 방문 때는 전문지식을 가진 국회의원도 수행하도록 하자는 건의에 따라 이루어진 것으로 당내에서 일본통으로 알려진 이낙연 의원이 적임자로 선정돼 결정됐다.
이 의원은 노대통령이 일본 방문에서 '북한 핵문제를 풀기 위한 국제사회의 협력, 특히 한미일 공조를 확고히 하는 방안'과 '전통적 한일 우호관계 확대 심화' '일본 지도자들과 국민들께 노무현대통령을 제대로 알리고 신뢰를 심는 것'을 방문 목적으로 하고 있다고 밝혔다. 또 일본이 과거 역사를 직시하고 정리할 것은 정리해야 한다는 점을 직, 간접적으로 지적하고 아울러 일본이 한국, 중국 같은 이웃 나라들의 우려를 씻고 신뢰를 회복하기 위해 필요한 노력을 해야 한다는 점도 거론할 것으로 알고있다고 전했다.
한편 최근 민주당내 신주류와 구주류의 갈등이 첨예화되고 있는 문제에 대해서 이의원은 '신주류와 구주류의 강경파에 속하는 분들이 서로 자제해야 한다'는 의견을 제시했으며 '극단적인 분당은 안된다'고 천명했다.